（一）无菌性脑膜炎主要应与其他病毒引起的脑膜脑炎相鉴别：　　1、流行性腮腺炎伴脑膜脑炎、多流行于冬春，常伴腮腺肿大，血清淀粉酶可增高，但柯萨奇病毒B3、埃可病毒9、16型也可引起腮腺肿大，则不易鉴别。　　2、脊髓灰质炎病毒引起的脑膜脑炎，如伴有瘫痪较易诊断，因柯萨奇病毒和埃可病毒感染很少发生瘫痪，且多为轻症，大多不留后遗症。　　3、乙型脑炎多集中发生在夏秋季节，起病急，多伴神智改变，周围血及脑脊液中白细胞增多明显，中性粒细胞百分率高为其特点。　　4、流行性脑脊髓膜炎及其他化脓性脑膜炎，轻症或未经彻底治疗者尤需加以鉴别。起病急，脑膜刺激征明显，脑脊液检查一般以中性粒细胞为多，糖和氯化物降低，如能在脑脊液中找到致病菌即可确诊。血象白细胞总数及中性粒细胞均增多。　　5、结核性脑膜炎起病缓慢，有其他结核病灶及结核接触史，脑脊液糖和氯化物降低，有薄膜形成，可找到结核杆菌，结核菌素皮肤试验阳性。　　6、隐球菌脑膜炎多起病缓慢，病程反复迁延，易有后遗症。　　7、婴儿脑型脚气病（维生素B1缺乏症）以及其他原因引起的脑病（如中毒性脑炎）均应注意勿与肠道病毒性脑炎相混淆。详细病史及仔细体查至为重要。　　肠道病毒引起的无菌性脑膜炎虽不易与其他病毒所致者进行临床鉴别，但如发生在夏秋季节、有流行趋势、伴发皮疹、肌痛、口、咽部疱疹、心肌炎等肠道病毒常见症候群时，则颇有助于诊断。　　（二）流行性肌痛胸痛显著时应与胸膜炎、心绞痛、心肌梗死等鉴别，胸透及心电图检查有助于诊断。腹部疼痛严重时酷似阑尾炎，在成人尚需除外胆囊炎、胆石症、胃溃疡穿孔、急性胰腺炎等。肌痛一般局限于浅表部位，无深部压痛或反跳痛。此外，腹部炎症常伴周围血白细胞计数和中性粒细胞增加，而本症正常。急性胰腺炎时，血清淀粉酶可增高。　　（三）急性心肌炎、心包炎新生儿心肌炎常与其他急性感染、败血症、肺炎等不易鉴别，如迅速出现心功能衰竭症状或心律失常，应疑及肠道病毒感染。伴有皮疹、血清转氨酶升高以及脑脊液改变者，更有助于诊断。年长儿及青年期发生心肌炎、心包炎者，应首先除外风湿症，后者常有关节炎症状，抗链球菌溶血素"O"试验、粘蛋白及C反应性蛋白增高有助鉴别。中年以上发生心肌炎需与冠心病相鉴别。　　（四）疱疹性咽峡炎，手、足、口病需与单纯疱疹引起的口腔炎鉴别。疱疹性咽峡炎常发生流行，其口腔疱疹常限于口腔后部。手、足、口病常在小范围内传播形成局部流行，其口腔前部疱疹易形成溃疡，并伴发手、足较小较硬的皮疹。单纯疱疹口腔炎多为散发病例，病变可在口腔任何部位发生，但以皮肤粘膜交界处为多见。　　（五）出疹性疾病多形性皮疹中斑丘疹需与麻疹、风疹相鉴别。一般很少伴耳后、枕后淋巴结肿，疹退后也无色素沉着或脱屑。埃可16型感染皮疹在热退后出现，应与婴儿急疹鉴别。猩红热样皮疹需与猩红热相区别，一般症状及咽部炎症均较猩红热为轻。出现疱疹者应与水痘鉴别，如手、足、口病的皮疹形态较水痘为小，皮厚且较硬，多分布于手、足，少见于躯干。